Die Wiege des HSV entstand wohl schon im Jahre 1884, als sich der Hohenfelder SC und der Wandsbek-Marienthaler SC gründeten. Beide Vereine fusionierten am 29. September 1887 zum Sport-Club Germania von 1887, einer der 3 Stammvereine des heutigen HSV. Dieses Datum gilt auch heute als das Offizielle Gründungsdatum des Hamburger SV. Zu den Gründungsmitgliedern zählten überwiegend Schüler des Matthias-Claudius-Gymnasiums in Wandsbek.
Am 20. Oktober 1894 wurde der Hamburg-Altonaer Fußball-Bund gegründet, der älteste Fußballverband außerhalb Berlins. 1895/96 wurde dann die 1. Hamburg-Altonaer Fußball- Meisterschaft ausgespielt und der SC Germania konnte sich ungeschlagen den 1. Titel sichern. Im Folgejahr 1896/97 gelang ihnen überlegen und wieder ungeschlagen die Titelverteidigung. 1901, 1902 und 1905 folgten bald weitere Titel. Auf Bundesebene verpasste der Verein 1904 nur knapp das Finale um die Deutsche Meisterschaft. 1903 erhält der Sport-Club-Germania einen eigenen Fußballplatz, der sich im Innenraum der Mühlenkamper Trabrennbahn befand. Als am 15. April 1905 der Norddeutsche- Fußball-Verband gegründet wird, folgte der Niedergang der Germania, da sie viele Spieler verloren. 1911/12 folgte dann auch der Abstieg und die Germania spielte keine Rolle mehr. Wegen des Kriegseinsatz im 1. Weltkrieg standen dem Verein immer weniger Spieler zur Verfügung und so ging man 1917 eine "Kriegs- Spielgemeinschaft" mit dem SV Uhlenhorst-Hertha v. 1911 ein. Ein Jahr später gab es auch eine Kriegsvereinigung mit dem SC Concordia von 1907.
Im Januar 1919 wurde Otto Schwabe zum letzten Präsidenten gewählt. Am 12. Mai des Jahres tritt der FC Falke 06 dem Verein bei, nur 4 Tage später am 16. Mai.1919 wurde die Fusion mit dem Hamburger Sport Verein von 1888 (bis 1914 Hamburger FC 88) beschlossen. Am 2. Juni 1919 trafen sich dann Vertreter vom SC Germania 1887 (u.a. Präsident Otto Schwabe) und Hamburger Sport Verein von 1888 (u.a. Präsident Dr. Otto Wolf, Paul Hauenschild) um offiziell zum Hamburger Sport Verein von 1887 e.V. zu fusionieren.
Am 01.06.1888 entstand der zweite Stammverein des heutigen HSV. Untersekundaner des Wilhelm- Gymnasiums in Hamburg gründeten den Hamburger FC von 1888, der im Volksmund nur "HFC" oder "88" genannt wurde. Als "Vater" des Vereins gilt wohl der Turnlehrer der Schüler, Dr. Wilms, der das Fußballspiel eingeführt hatte. Gespielt wurde auf der Moorweide im Stadtteil Rotherbaum. 1894 schloss sich der Hohelufter FC an. Ab 1892 spielten sie auf dem Platz an der Sternschanzen-Eisbahn. 1895 schloss sich der neugegründete FC Victoria 95 zunächst dem HFC an, bevor man 1897 eine eigene Mannschaft stellte.
Am 01. November 1910 wurde der Sportplatz am Rothenbaum gepachtet, jenes Gelände, auf dem der HSV später seine großen Erfolge feierte. Am 01. Januar 1912 kam Otto "Tull" Harder von Eintracht Braunschweig zur Mannschaft. Ab dem 26. Februar 1914 nennt sich der Verein "Hamburger SV 1888". Sportlich lief es für den HFC mehr schlecht als recht, in der Saison 1912/13 folgte sogar der Abstieg. Man schaffte zwar umgehend den Wiederaufstieg, aber wegen dem Beginn des 1. WK wurde in den folgenden Jahren keine Meisterschaft ausgespielt. Gegen Ende des Krieges schlossen sich viele Vereine zu sogenannten Kriegsvereinigungen zusammen, da es ihnen an Spielern mangelte. So schloss sich am 27.07.1918 auch der Hamburger SV 1888 mit dem SC Victoria-Hamburg 88 zusammen. Die Kriegsvereinigung KV Victoria-Hamburg 88 (auch HFC-Victoria genannt) qualifizierte sich für die Endrunde um die Norddeutsche Meisterschaft 1918/19. Nach einem 10:0 gegen den Schweriner FC 1903 und einem 4:1 gegen den FC Borussia Harburg, schlug die KV auch den Kieler SV Holstein im Halbfinale in der Verlängerung mit 7:1. Auch das Finale gegen den Bremer SC 1891 gewann die KV am 01.06.1919 mit 2:0 und wurde damit Norddeutscher Meister. Noch am gleichen Tag wurde die Kriegsvereinigung wieder gelöst, bis dahin verlor man kein einziges Spiel. Die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft fiel aufgrund des (mittlerweile beendeten) Krieges aus.
Im Januar 1919 wurde Dr. Otto Wolf zum letzten Präsidenten gewählt. Am 21.03.1919 stimmten die Mitglieder des Hamburger SV 1888 bei einer außerordentlichen Mitgliederversammlung gegen eine Fusion mit dem FC Victoria. Stattdessen wurde am 16. Mai.1919 die Fusion mit dem SC Germania von 1887 beschlossen, der FC Falke 06 trat dem Verein bereits am 12. Mai bei. Am 2. Juni 1919 trafen sich dann Vertreter des Vereins (u.a. Präsident Dr. Otto Wolf, Paul Hauenschild) mit Vertretern des SC Germania 1887 (u.a. Präsident Otto Schwabe) um offiziell zum Hamburger Sport Verein von 1887 e.V. zu fusionieren.
Als sich am 06.03.1906 Schüler der Oberrealschule in Hamburg- Eppendorf zum FC Falke von 1906 Zusammenschlossen, war der 3.te Stammverein des heutigen HSV geboren. Gespielt wurde am Voüberg, als der Platz 1908 zum Baugebiet erklärt wurde, pachtete der Verein einen am Grindelberg. Der entsprach allerdings nicht den Richtlinien des NFV (Norddeutscher Fußballverband) und der noch junge FC Falke 06 wurde vom offiziellen Sportbetrieb ausgeschlossen. In einer Beispielslosen Aktion überredeten die jungen Fußballer ihre Eltern, dem Verein beizutreten und finanziell zu fürdern. In Stellingen wurde davon eine neue Sportanlage mit Vereinsheim gebaut und der FC Falke 06 reichte erneut einen Antrag auf Zulassung zum Spielbetrieb beim NFV ein, welcher sein OK gab. Durch die späte Gründung spielte der FC Falke 06 in Hamburg nur eine untergeordnete Rolle und spielte meist auch nur in unteren Ligen. Größere Erfolge konnte der Verein daher auch nicht erzielen. Bereits am 12. Mai 1919 trat der FC Falke 06 dem Hamburger Sportverein 1888 (HFC 88) bei, der sich von nun an Hamburger SV von 1888 nannte. Falke 06 zählt zu den 3 Gründungsvereinen, weil nur 4 Tage später, am 16.Mai 1919, der Zusammenschluss mit dem SC Germania 1887 und dem Hamburger SV von 1988 beschlossen wurde.
Am 16. Mai.1919 wurde die Fusion der 3 Stammvereine Sport-Club Germania von 1887, Hamburger Sport Verein von 1888 (bis 1914 Hamburger FC 88) und FC Falke 1906 beschlossen. Der FC Falke 1906 trat dem Hamburger SV von 1988 bereits am 12. Mai bei. Am 2. Juni 1919 trafen sich dann Vertreter vom SC Germania 1887 (u.a. Präsident Otto Schwabe) und Hamburger Sport Verein von 1888 (u.a. Präsident Dr. Otto Wolf, Paul Hauenschild) um offiziell zum Hamburger Sport Verein von 1887 e.V. zu fusionieren. Einen Tag nachdem der Hamburger Sport Verein von 1888 die Kriegsvereinigung mit dem FC Victoria-Hamburg gelöst hat (Die KV Victoria-Hamburg 88 wurde Hamburger und Norddeutscher Meister, die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft fiel aus)
Bereits einen Tag später am 03.06.1919 fand die erste gemeinsame Mitgliederversammlung statt, bei der Dr. Otto Wulf (der letzte Präsident des Hamburger SV von 1888/HFC) zum ersten Vorsitzenden des HSV gewählt wird. Er übte sein Amt aber nur etwa einen Monat aus. Zu der Zeit waren sich die Mitglieder der alten 3 Gründervereine nicht in allen Dingen einig, jeder wollte "seine Fahne hochhalten". So kam es in den nächsten Jahren des öfteren zur Neuwahl des Präsidenten.
Am 21.07.1919 erfolgt dann auch die Eintragung in das Vereinsregister. Als Gründungsdatum gilt zunächst der 01.06.1888, das Gründungsdatum des Hamburger FC. Vermutlich haben sich dessen Mitglieder durchgesetzt. Erst ab 1934 gilt der 29.09.1887 (Gründungsdatum des SC Germania) als offizielles Gründungsdatum des HSV. Der HFC steuerte die künftige Spielstätte bei, das Sportgelände Rotherbaum. Als Vereinsfarben werden die Farben rot und weiß der Stadt Hamburg gewählt. Die Farben blau und schwarz des Gründerclubs SC Germania tauchen im Vereinswappen (Die Raute) auf, welches vom damaligen Spieler Otto Sommer entworfen wurde. Es wurde einem Symbol der Hamburger Handels schifffahrt entliehen, dem "blauen Peter", diese Flagge wurde gesetzt, um anzuzeigen, dass ein Schiff innerhalb der nächsten 24 Stunden auslaufen will. Sie ist auch ein Zeichen für die Mannschaft, die sich auf Landgang befindet, an Bord zu kommen.
Da es wegen des 1.Weltkriegs den Vereinen an Spielern mangelte, schlossen sich viele Vereine zu sogenannten Kriegsvereinigungen zusammen. So schloss sich am 27.07.1918 auch der Hamburger SV 1888 (bis 1914 Hamburger FC von 1888) mit dem SC Victoria-Hamburg 88 zusammen. Die Kriegsvereinigung KV Victoria-Hamburg 88 (auch HFC-Victoria genannt) qualifizierte sich für die Endrunde um die Norddeutsche Meisterschaft 1918/19. Nach einem 10:0 gegen den Schweriner FC 1903 und einem 4:1 gegen den FC Borussia Harburg, schlug die KV auch den Kieler SV Holstein im Halbfinale in der Verlängerung mit 7:1. Auch das Finale gegen den Bremer SC 1891 gewann die KV am 01.06.1919 mit 2:0 und wurde damit Norddeutscher Meister. Noch am gleichen Tag wurde die Kriegsvereinigung wieder gelöst, bis dahin verlor man kein einziges Spiel, die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft fiel aufgrund des Krieges aus. Bereits am 21.03.1919 stimmten die Mitglieder des Hamburger SV 1888 bei einer außerordentlichen Mitgliederversammlung gegen eine Fusion mit dem SC Victoria. Der Verein schloss sich lieber, einen Tag nach dem Gewinn der Norddeutschen Meisterschaft, mit dem SC Germania zum Hamburger Sport Verein 1887 e.V. zusammen. (Der FC Falke 06 trat dem Verein bereits am 12.05.1919 bei) Auch der SC Germania 1887 ging 1917 vorübergehend eine KV mit der SV Uhlenhorst-Hertha (ab 1991 Uhlenhorst- Adler) und 1918 mit dem SC Concordia von 1907 ein.